Thématiques de recherche
Les activités de l'équipe "Adaptations et Interactions Microbiennes dans l'Environnement" (AIME) se focalisent sur la dégradation microbienne des polluants organohalogénés et des micropolluants émergents, et plus particulièrement des composés halogénés à un atome de carbone (C1) par les microorganismes méthylotrophes.
Les projets et travaux de l'équipe se déploient aujourd'hui sur plusieurs axes :
- L'étude expérimentale du métabolisme de déchloration du chlorométhane et du dichlorométhane dans les souches minéralisant ces composés. La caractérisation des bases moléculaires de l’adaptation à la dégradation des méthanes chlorés se fait par des approches combinées de génétique, de génomique, de protéomique et de transcriptomique.
- L'inventaire de la diversité microbienne sur des sites réels pertinents pour la bioremédiation de polluants organohalogénés, ainsi que dans divers compartiments de la biosphère (sols et phyllosphère) pour des composés organiques volatils impactant le climat tel que le chlorométhane. Est abordée en particulier l'étude moléculaire de la dynamique structurelle et fonctionnelle des populations impliquées en fonction de l'exposition à ces composés.
- L’isolement et la caractérisation moléculaire détaillée de bactéries capables de métaboliser des micropolluants agronomiques et pharmaceutiques émergents.
- La contribution au développement de l’écotoxicologie microbienne (réseau EcotoxicoMic) avec notamment l’identification de biomarqueurs pertinents pour les études in situ du devenir de polluants chlorés.
- La caractérisation de la croissance de microorganismes méthanogènes méthylotrophes en conditions similaires à celles du sous-sol de la planète Mars. Cette expérience se fera à bord de la Station Spatiale Internationale (projet MMARS1 en collaboration avec l'Université Internationale de l'Espace (ISU) soutenu par l'Eurométropole de Strasbourg).
- La détermination du rôle des stratégies relatives au mode de vie dans la diversité génétique des populations microbiennes en collaboration avec le Centre for Systems Biomedicine de l’Université du Luxembourg.
De l’étude de souches modèles au laboratoire aux communautés microbiennes in situ, en passant par l’étude de microcosmes, les travaux de l'équipe AIME sont fondés sur l'application de la génomique fonctionnelle, alliée à celle d’isotopes stables pour la caractérisation des populations actives capables d’assimiler ces composés (approches SIP « Stable Isotope Probing » et CSIA « Compound-specific Stable Isotope Analysis »).