Thème de Recherche
Les travaux de l'équipe « Ecophysiologie Moléculaire des Procaryotes », dirigée par P. Bertin, concernent principalement les métabolismes microbiens impliqués dans la résistance et la détoxication d'éléments comme l'arsenic. Les approches les plus récentes de la génomique descriptive et fonctionnelle, combinée à des méthodes de microscopie, génétique, taxonomie et biochimie, sont mises en oeuvre pour décrire la physiologie de microorganismes isolés d'environnements naturels ou anthropisés et le fonctionnement de communautés microbiennes complexes.
L'équipe coordonne l'activité d'un réseau national de recherche CNRS qui regroupe près de 20 laboratoires intéressés par de multiples aspects relatifs (http://gdr2909.u-strasbg.fr). Les projets sont financés par plusieurs programmes ANR dans lesquels elle est actuellement impliquée comme coordinatrice ou partenaire. Enfin, l'équipe participe au développement de bases de données dédiées à l'analyse protéomique comme InPact (http://inpact.u-strasbg.fr/~db/) et aux génomes de micro-organismes comme Arsenoscope (https://www.genoscope.cns.fr/agc/mage/arsenoscope).
Outre les programmes de séquençage et de protéomique financés par le Genoscope et le CNRS, l'équipe EM2 a obtenu le soutien de l'ANR dans 4 projets en cours.
Le projet RARE vise, par une approche intégrée incluant caractérisation physico-chimique du site, inventaire taxonomique des communautés microbiennes présentes et analyse métagénomique et métaprotéomique de la diversité génétique et fonctionnelle, à élucider les mécanismes microbiens de biominéralisation au sein d'un écosytème hautement contaminé par l'arsenic.
Les projets COBIAS et ASEDMAR coordonnés par le BRGM s'attachent, l'un à comprendre les processus d'élaboration des biofilms bactériens en réponse à l'arsenic dans la perspective de mieux controler leur développement lors du traitement d'eaux contaminées; l'autre à décrire le cycle de l'arsenic dans les sédiments marins afin d'élaborer un modèle couplant bio-géochimie, biodisponibilité et toxicité.
Le projet MULTIPOLSITE porté par le LIMOS étudie le devenir des multipollutions
organiques et métalliques dans les sols dans un contexte d'atténuation naturelle et de phytoremédiation par une approche multidisciplinaire associant géochimie, microbiologie, toxicologie et science du sol.