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Actualités de l'équipe

    2019

    Avril 2019

    Bienvenue à Emna Ben Saâd, qui démarre son travail de thèse au sein de l'équipe et de l'entreprise Bio Brasseurs.

    Mars 2019

    Bienvenue à Chris Eberlein, qui démarre son projet de post-doc dans l'équipe.

    Le projet de l'équipe avec Emmanuel Levy, du Weizmann Institute of Science, a été sélectionné dans le cadre du Programme de Collaboration CNRS-Weizmann Institute of Science.

    L'équipe a obtenu un financement ANRT dans le cadre d'une convention Cifre, pour un doctorat co-financé par l'entreprise Bio Brasseurs.

    Janvier 2019

    L'équipe accueille Andreas Tsouris et Tristan Hansmann pour leur stage de Master 2.

    2018

    Octobre 2018

    Nouvelle participation à l'Ekiden de Strasbourg : félicitations aux deux vaillantes équipes qui ont affronté la pluie, le vent et le froid, au rendez-vous de cette 7e édition.
    Voici les résulats :
    Haploteam 2 (Elodie, Téo, Omar, Andreas, Ludivine, Yohan) : 03:59:02
    Haploteam 1 (Anne, Joseph, Sabrina, Abhishek, Claudine, Jean-Sébastien) : 04:05:41

    Nouvelle publication en collaboration avec l'équipe d'Eric Alani (Cornell University) :
    Incompatibilities in mismatch repair genes MLH1-PMS1 contribute to a wide range of mutation rates in human isolates of baker's yeast.

    L'équipe accueille Fabien Dutreux, ingénieur.

    Juillet 2018

    Le groupe a obtenu deux financements ANR :
    - le projet RecombFun en collaboration avec Bertrand Llorente (CRCM, UMR 7258, Marseille) va s’intéresser à l’évolution du patron de recombinaison et de mutations fonctionnelles à travers différentes espèces
    - le projet BrettAdapt en collaboration avec Warren Albertin (Institut de la Vigne et du Vin, Université de Bordeaux) va s’intéresser à l’adaptation de la levure Brettanomyces bruxellensis aux procédés fermentaires, par une approche multi-échelle.

    Mai 2018

    L'équipe accueille Abhishek Dutta, post-doctorant.

    Avril 2018

    Les 1011 génomes de S. cerevisiae sont publiés dans Nature :
    Genome evolution across 1,011 Saccharomyces cerevisiae isolates

    en collaboration avec G. Liti et le Génoscope.

    Et voici la revue de presse qui l’accompagne :
    Behind the paper, Natureecoevocommunity

    New & Noteworthy, SGD

    L'actualité de la recherche, Université de Strasbourg

    La recherche en sciences du vivant, parutions CNRS
    The Atlantic
    Danmarks Radio
    Focus.it

    Phys.org

    GeneticLiteracyProject

    Félicitations2 !!!
    Elodie a reçu le prix de la présentation au Séminaire de Microbiologie de Strasbourg (SMS 2018).
    Jackson a reçu le prix de thèse 2018 de l’Université de Strasbourg.

    Financement : l’équipe a reçu un financement IdEx 2018 Postdoctorant  "Population-scale exploration of the phenotypic expressivity".

    Un nouvel article en collaboration :
    Brettanomyces bruxellensis
    population survey reveals a diploid-triploid complex structured according to substrate of isolation and geographical distribution.

    Janvier 2018

    Bienvenue à Adrien Perrin pour son stage de M2 (Master BMO).

    2017

    Décembre 2017

    Un financement ERC Consolidator a été attribué à Joseph Schacherer pour son projet "Inheritance, expressivity and epistasis hidden behind the phenotypic landscape of natural populations".

    Septembre 2017

    Bienvenue aux trois nouveaux membres de l'équipe :
    Elodie Caudal et Omar Abou-Saada, étudiants en thèse et Sabrina Bibi-Triki, post-doc.

    Soutenance de thèse de Jackson Peter :
    «Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae»
    le 25 septembre à 10h dans l'amphithéâtre du Collège Doctoral Européen.

    Nouvelle publication de l'équipe :
    Genetic backgrounds and hidden trait complexity in natural populations.

    Nouvelle publication de l'équipe en collaboration :
    Identification of a novel interspecific hybrid yeast from a metagenomic spontaneously inoculated beer sample using Hi-C.

    Mars 2017

    Félicitations à Jing Hou qui a obtenu le prix de thèse Transgène de la Société de Biologie de Strasbourg.

    Février 2017

    Un nouveau projet pour l'équipe, financé par l'USIAS (Institut d’Études Avancées de l'Université de Strasbourg) : Elucidating how traits are heritable through functional and population genomics across a whole subphylum.

    Nouvelle publication en collaboration avec Eric Alani : Mismatch Repair Incompatibilities in Diverse Yeast Populations.
    à propos de cette publication : http://www.yeastgenome.org/the-dark-yeast-rises

    Janvier 2017

    Mi-thèse de Téo Fournier : 'Towards a species-wide view of the genetic architecture of traits'
    vendredi 20 Janvier à 14h en salle Alsace de l'institut de botanique.

    Nouvelle publication en collaboration avec le Génoscope : de novo assembly and population genomic survey of natural yeast isolates with the Oxford Nanopore MinION sequencer.

    2016

    Décembre 2016

    Félicitations !
    Joseph Schacherer est lauréat du prix Guy Ourisson du Cercle Gutenberg.

    Le financement NIH R01 a été reconduit, en collaboration avec l’équipe de Maitreya Dunham (Washington University, Seattle, USA) et celle de David Hess (University of Santa Clara, Santa Clara, USA).

    Octobre 2016

    Nouvelle publication de l'équipe dans Mol Biol Evol : Fitness trade-offs lead to suppressor tolerance in yeast.

    Nouvelle participation à l'édition 2016 de l'EKIDEN de Strasbourg :
    la Diploteam arrive en 123e position, bouclant le relais en 3h-56min-25sec avec les performances suivantes :
    Elodie 5 km ; (00:34:25)
    Téo 10 km ; (00:44:35)
    Marion 5 km ; (00:36:18)
    Fifou/Joseph 10 km ; (00:47:50)
    Claudine 5 km ; (00:31:24)
    Anne 7.5 km ; (00:41:51)

    Septembre 2016

    Bienvenue à Roméo et Elodie pour leur stage de M2.

    Remise du prix des Espoirs de l'Université de Strasbourg pour Anne Friedrich et célébration de la nomination de Joseph Schacherer à l'Institut Universitaire de France, lors de la cérémonie de rentrée : les vidéos sont ici.

    Juillet 2016

    Le groupe a obtenu un financement ANR (projet PhenoVar) en collaboration avec Gilles Fischer (UPMC, Paris) et Gianni Liti (IRCAN, Nice) dans le cadre de l’appel à projet générique 2016.

    Nouvelle publication de l’équipe dans Cell Reports : The hidden complexity of mendelian traits across natural yeast populations, qui a fait l'objet d'une parution du CNRS : Quand le génétiquement simple devient complexe !

    Nouvelle publication de l'équipe : Dissection of quantitative traits by bulk segregant mapping in a protoploid yeast species.

    Juin 2016

    Félicitations à Anastasie Sigwalt qui a soutenu sa thèse le 3 juin.

    Nouvel article en collaboration avec Gilles Fischer :
    Reconstruction of ancestral chromosome architecture and gene repertoire reveals principles of genome evolution in a model yeast genus.

    Nikolaos Vakirlis, Véronique Sarilar, Guénola Drillon, Aubin Fleiss, Nicolas Agier, Jean-Philippe Meyniel, Lou Blanpain, Alessandra Carbone, Hugo Devillers, Kenny Dubois, Alexandre Gillet-Markowska, Stéphane Graziani, Nguyen Huu-Vang, Marion Poirel, Cyrielle Reisser, Jonathan Schott, Joseph Schacherer, Ingrid Lafontaine, Bertrand Llorente, Cécile Neuvéglise and Gilles Fischer.
    Genome Research.
    2016, doi: 10.1101/gr.204420.116.

    Deux nouvelles publications :
    Beyond the simplicity of Mendelian inheritance.

    Joseph Schacherer.
    Comptes Rendus Biologies. 2016, doi:10.1016/j.crvi.2016.04.006.

    Species-wide survey reveals the various flavors of intraspecific reproductive isolation in yeast.
    Jing Hou, Téo Fournier, Joseph Schacherer.
    FEMS Yeast Res. 2016, doi: 10.1093/femsyr/fow048.

    Mai 2016

    Félicitations :
    Joseph Schacherer est nommé à l’Institut Universitaire de France.
    Anne Friedrich est parmi les lauréats du Prix Espoir de l’Université de Strasbourg.

    Mars 2016

    Félicitations à Jing Hou qui a soutenu sa thèse le 24 mars : 'Species-wide survey reveals the complex landscape of the genetic origin of reproductive isolation within natural yeast populations.'

    Nouvelle publication de l'équipe :
    Differences in environmental stress response between yeasts is consistent with species-specific lifestyles.

    Février 2016

    Bienvenue à Manuel Majrouh (M1 Bioinfo) pour son stage.

    nouvelles publications de l'équipe :
    Large-Scale Survey of Intraspecific Fitness and Cell Morphology Variation in a Protoploid Yeast Species
    .
    Paul P. Jung, Anastasie Sigwalt, Shinsuke Ohnuki, Jacky de Montigny, Yoshikazu Ohya, Joseph Schacherer.
    G3. 2016, doi: 10.1534/g3.115.026682.

    The hidden complexity of Mendelian traits across yeast natural populations.
    Jing Hou, Anastasie Sigwalt, David Pflieger, Jackson Peter, Jacky de Montigny, Maitreya Dunham, Joseph Schacherer.
    Biorxivpreprint. 2016, doi: dx.doi.org/10.1101/039693.

    Janvier 2016

    Présentation de mi-thèse de Jean-Sébastien Gounot : "Exploration de la diversité génétique intraspécifique au sein des levures hémiascomycètes", le vendredi 29 janvier à 14h en salle d'Alsace.

    Nouvelle publication de l'équipe dans Genome Biol Evol :
    Whole-genome sequencing and intraspecific analysis of the yeast species Lachancea quebecensis.

    Bienvenue à Arnaud Fertet pour son stage de M2 et à Carolyn Schneider (L3-Erasmus).

    2015

    Novembre 2015

    Nouvelle revue de l’équipe sur la génomique des populations :
    Population genomics of yeasts: Towards a comprehensive view across a broad evolutionary scale.


    Octobre 2015

    Voici les performances des vaillants participants de l'équipe au Marathon de Strasbourg 2015 :

    *Marathon : Joseph Schacherer   
    03:17:05    85e sur 909
    *Duo : Kelle Freel et Christian Brion   
    03:08:06     19e
    *Ekiden : équipe Haploteam (Anne Fridedrich, Jacky de Montigny, Jackson Peter, Téo Fournier, Jean-Sébastien Gounot, Arnaud Fertet)
    03:45:24     93e

    Une nouvelle publication de l'équipe :
    On the Mapping of Epistatic Genetic Interactions in Natural Isolates: Combining Classical Genetics and Genomics.

    Juillet 2015
    Nouvelle publication de l'équipe :
    Negative epistasis: a route to intraspecific reproductive isolation in yeast?

    Félicitations à Téo Fournier qui a obtenu un contrat doctoral Université pour effectuer sa thèse dans l'équipe.

    L'illustration d'Alex Cagan pour la présentation d'Anne Friedrich au SBME 2015 Meeting :

    Juin 2015
    Nouveau site pour le projet « The 1002 Yeast Genomes Project » 1002genomes.u-strasbg.fr

    L’équipe fait l’actualité du SGD (Saccharomyces Genome Database) : 'The Failed Hook Up: A Sitcom Starring S. cerevisiae', de l'Université de Strasbourg : 'Les origines génétiques de la spéciation chez la levure' et du CNRS : 'Les génomes incompatibles ne font pas bon ménage !'

    Félicitations à Jing Hou pour son financement La Ligue Contre le Cancer  pour une 4ème année de thèse

      Mai 2015
      Nouvelle publication de l'équipe dans Nature Communications :
      Comprehensive survey of condition-specific reproductive isolation reveals genetic incompatibility in yeast.

      L'équipe vient de publier un article de revue sur l'évolution des génomes mitochondriaux de levures :
      Mitochondrial genome evolution in yeasts: an all-encompassing view.

      Avril 2015
      Nouvelle publication de l'équipe, dans Nucleic Acids Research :
      Evolution of intraspecific transcriptomic landscapes in yeasts.

      Nouvelle publication en collaboration :
      Draft genome sequence of Lachancea lanzarotensis CBS 12615T, an ascomycetous yeast isolated from grapes.

      Janvier 2015
      Bienvenue à Téo (M2), Morand (M2) et Sirine (M1) pour leur stage.

      2014

      Décembre 2014
      Nouvelle publication en collaboration, dans Genome Biology and Evolution :
      Evolutionary dynamics of hAT DNA transposon families in Saccharomycetaceae.

      Octobre 2014
      Marathon de Strasbourg-édition 2014
      Excellents résultats pour l'ensemble de l'équipe qui a participé au marathon de Strasbourg le 26 octobre dernier :

      photo des membres de l'équipe après les courses du marathon 2014
      *Marathon (Christian Brion)    
      03:08:58     49e
      *Duo (Kelle Freel et Joseph Schacherer)    
      03:19:53     4e duo mixte
      *Ekiden (Anne Fridedrich, de Montigny Jacky, Jing Hou, David Plfiger, Cyrielle Reisser, Morand Silber)
      03:53:50     88e
      *Ekiden (Cecilia Garmendia, Lize Braat, Anastasie Sigwalt, Téo Fournier, Jean-Seb Gounot, Jackson Peter)
      03:54:05     92e


      Nouvelle publication de l'équipe dans Molecular Biology and Evolution :
      Population genomics reveals chromosome-scale heterogeneous evolution in a protoploid yeast

      Septembre 2014
      Nouvelle publication de l'équipe dans Genome Biology and Evolution :
      Population genomic analysis reveals highly conserved mitochondrial genomes in the yeast species Lachancea thermotolerans.

      Août 2014
      Nouvelle publication de l'équipe :
      Genome sequence of the yeast Cyberlindnera fabianii (Hansenula fabianii).
      Genome Announc. 2014 Aug 7;2(4).

      Jing Hou reçoit le prix "article du mois - Août 2014" de la SFBBM 

      Juillet 2014
      Félicitations à Jean-Sébastien Gounot qui a obtenu un contrat doctoral Université pour effectuer sa thèse dans l'équipe.

      Juin 2014
      Félicitations !
      Joseph Schacherer est parmi les lauréats des prix scientifiques « les Espoirs de l’Université de Strasbourg »

      lire aussi l'article dans l'ACTU_unistra

      Mai 2014
      Nouvelle publication de l'équipe dans Current Biology :
      Chromosomal rearrangements as a major mechanism in the onset of reproductive isolation in Saccharomyces cerevisiae.
      Curr Biol. 2014 May 19;24(10):1153-9.

      Notre article a reçu les honneurs:
      - d'une communication par Clifford Zeyl : Evolution: A Collection of Misfits
      - du prix "article du mois - Août 2014" de la SFBBM
      pour Jing Hou

      Avril 2014
      Félicitations -à nouveau- à Jing Hou pour son prix de la présentation, lors du colloque LMO-11.

      Félicitations à Jing Hou pour son prix de la présentation, lors du Séminaire de Microbiologie de Strasbourg (SMS 2014).

       

       


      Bienvenue à Kévin Gérard pour son stage de DUT en génie biologique et à Justine Humbert pour son stage de M1.

      Une nouvelle publication en collaboration :
      The complete genome of Blastobotrys (Arxula) adeninivorans LS3 - a yeast of biotechnological interest.
      Biotechnol Biofuels. 2014, 7:66.

      Février-Mars 2014
      Soutenance de mi-thèse de Jing Hou : "Genetic basis of intraspecific reproductive isolation in yeast", le 27 février.

      Soutenance de mi-thèse d'Anastasie Sigwalt : "Origine génétique de la variation de la tolérance au stress au sein de populations naturelles de levures", le 27 mars.

      Janvier 2014
      Cyrielle Reisser a soutenu sa thèse dont le titre est : « Analyse de la variabilité intraspécifique chez les levures : résistance à l’ammonium et aux antifongiques azolés », le vendredi 31 janvier.

      Une photo de la soutenance ici

      L'équipe s'agrandit avec l'arrivée de trois nouveaux membres : Claudia Caradec (IE), Laure Bertsch et Jean-Sébastien Gounot (étudiants en Master2).

      2013

      Octobre 2013
      2eme participation de l'équipe HaploTeam à l'Ekiden de Strasbourg ... et nouveau record 03:34:57... qui n'a toutefois pas permis de rattraper Joseph : 03:30:08 au marathon !  

      Tous les détails des courses dans la nouvelle publication de l'équipe 'Genetic basis of the running speed of a freaky population: the HaploTeam 2013'

       

        Août 2013
        Bienvenue à Kelle Freel (post-doc) qui a rejoint l'équipe.

        Juillet 2013
        Nouvelle publication en collaboration avec l'équipe de Gaël Yvert (ENS - Lyon) et Yoshi Ohya (Université de Tokyo) :
        Single-cell phenomics reveals intra-species variation of phenotypic noise in yeast.
        BMC Systems Biology 2013, 7:54.

        Félicitations à Jackson Peter qui a obtenu un contrat doctoral Université pour effectuer sa thèse dans l'équipe.

        Avril-Juin 2013
        Bienvenue aux nouveaux arrivants :
        Bai Xueke (M1_statistiques), Elisabetta Punzi (Erasmus), Morand Silber (L3), Virginie Nierat (L3), David Picard-Druet (L3), Christian Brion (Postdoc).

        Nouvelle publication de l'équipe :
        Genome-wide analysis of intraspecific transposon diversity in yeast.
        BMC Genomics. 2013 Jun 14;14:399.

        Mars 2013
        Nouvelle publication de l'équipe :
        Genetic basis of ammonium toxicity resistance in a sake strain of yeast: a mendelian case.
        G3. 2013, 3(4):733-740.

        Bienvenue à Nicolas Chevigny (étudiant en L3) pour son stage.

        Janvier-Février 2013
        Bienvenue à Jackson Peter (étudiant en Master 2), Alexandra Vantcheva (étudiante en Master 1) et Francis Rousseau-Brochu (étudiant Erasmus, L3) qui ont rejoint le groupe pour leur stage.

        2012 et avant

        Décembre 2012
        Notre projet "The 1002 yeast genomes project: a framework for genome-wide association studies", en collaboration avec Gianni Liti, a été retenu dans le cadre de l'appel d'offre France Génomique.
        https://www.france-genomique.org/spip/spip.php?breve5

        Cyrielle a gagné le prix du poster de la Journée de l'Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et Santé. Félicitations !

        Denise Stuber a rejoint l'équipe en tant que personnel technique.

        Octobre 2012
        Le groupe a couru l'Ekiden de Strasbourg en...
        ...03:40:05...not too bad!
        http://connect.garmin.com/activity/237943220

         

         

        Nouvelle publication de l'équipe dans PLoS ONE :
        Comparative mitochondrial genomics within and among yeast species of the Lachancea genus.
        PLoS One. 2012, 7(10):e47834.

        Septembre 2012
        Jing Hou (contrat doctoral Université) et Anastasie Sigwalt (financement NIH) ont rejoint le groupe pour faire une thèse.

        Nouvelle publication du groupe dans Genes, Genomes, Genetics (G3) :
        Mitochondrial genome evolution in a single protoploid yeast species.
        G3. 2012, 2(9):1103-11

        Sophie Siguenza a rejoint le groupe en tant qu’ingénieur en bioinformatique.

        Juillet 2012
        Jing Hou a obtenu un contrat doctoral Université pour effectuer une thèse sur les origines génétiques de l’isolement reproductif intra-spécifique.

        Mai-Juin 2012
        Le groupe a obtenu un financement NIH R01 en collaboration avec l’équipe de Maitreya Dunham (Washington University, Seattle, USA) et celle de David Hess (University of Santa Clara, Santa Clara, USA).

        Le groupe a obtenu un financement « Projets Attractivité IDEX 2012 » de l’Université de Strasbourg.

        Avril 2012
        Romain Henry a rejoint le groupe comme post-doctorant.

        Février 2012
        Une nouvelle publication en collaboration :
        Pichia sorbitophila, an interspecies yeast hybrid, reveals early steps of genome resolution after polyploidization.
        G3 (Bethesda). 2012, 2(2):299-311.

        Janvier 2012
        Le groupe a obtenu un financement ANR Jeune Chercheur.

        Mai 2011
        Paul Jung rejoint le groupe comme post-doctorant.

        Octobre 2010
        Le groupe a obtenu un financement ANR Blanc en collaboration avec Gilles Fischer (UPMC, Paris), Bertrand Llorente (CNRS, Marseille) et Cécile Neuveglise (INRA, Grignon)